Die Geschäftsstelle von Mentoring Hessen ist an der Goethe-Universität in Frankfurt angesiedelt. Als Servicestelle für alle beteiligten Hochschulen ist sie für die Konzeption, Durchführung und strategische Weiterentwicklung der Mentoring-Förderlinien und sonstigen Maßnahmen zur Karriereförderung verantwortlich. Aufgaben der Geschäftsstelle sind zudem die Öffentlichkeitsarbeit, das Qualitätsmanagement, die Steuerung und Weiterentwicklung der Förderallianz sowie die Koordination der Zusammenarbeit mit allen beteiligten Hochschulen, Unternehmen und Forschungseinrichtungen (Kooperationsmanagement).